Nachdem als erste Tochterkirche der Johannis-Gemeinde die Heilandskirche gebaut wurde,
die 1896 ihre Selbständigkeit erlangte, sollte für die 30.000 Seelen, die in Neu-Moabit lebten ebenfalls eine Kirche geschaffen werden.
Im Jahre 1900 wurde ein Wettbewerb ausgeschrieben für den Bau einer Kirche auf einem Kohlenplatz
an der Perleberger Straße, Ecke Birkenstraße.
Die Architekten Dinklage und Paulus erhielten den ersten Preis und somit den Auftrag zum Bau.
Es sollte ein Kirchenbau in niederdeutscher Backsteingotik sein.
Da der Bauplatz ein spitzwinkliges Dreieck war, konnte die sonst übliche Kreuzform nicht eingehalten werden.
So entschlossen sich die Architekten zu einer sechseckigen Grundform.
Am 2. September 1905 wurde der Grundstein gelegt.
Die Bauausführung wurde in die Hände des Architekten R. Cramer gelegt.
Nach einer Bauzeit von etwas über einem Jahr wurde am 19. Dezember 1906 die Kirche eingeweiht.
Auch die Kaiserin Auguste-Viktoria war zum Tage der Einweihung anwesend.
Sie spendete der neuen Kirche eine große silberbeschlagene Altarbibel mit der eigenhändigen Widmung:
Der Heiligegeistkirche in Berlin zur Einweihung am 19. Dezember 1906.
Ev.Joh. 14, 15-16:
"Liebet ihr mich, so haltet meine Gebote und ich will den Vater bitten und er soll euch einen anderen Tröster geben,
dass er bei euch bleibe ewiglich, den Geist der Wahrheit,
welchen die Welt nicht kann empfangen, denn sie siehet ihn nicht und kennt ihn nicht.
Ihr aber kennet ihn, denn er bleibet bei euch und wird in euch sein."
Auguste-Viktoria, I. R.
Der Bau ist aus roten Rathenower Ziegeln errichtet worden und weist frühgotische Formen auf.
Der große sechsseitige Turm ist 71 m hoch. Er bildet mit seinen drei Portalen den Zugang ins Innere des Gotteshauses.